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Une réponse ministérielle en date de 22 octobre 201 précise comment gérer le changement de taux de TVA au 1er janvier 2014 pour les travaux immobiliers.
La structure des taux de TVA sera réaménagée à compter du 1er janvier 2014. Le taux normal sera porté de 19,6 % à 20 %, le taux intermédiaire de 7 % à 10 % et le taux réduit de 5,5 % à 5 % (selon le projet de loi de finances pour 2014, le taux de 5,5 % resterait inchangé).
Ainsi, les travaux d’amélioration, de transformation, d’aménagement et d’entretien portant sur des locaux à usage d’habitation, achevés depuis plus de deux ans bénéficiant du taux réduit de 7 % seront soumis au taux de TVA de 10 % à compter du 1er janvier 2014. Le taux intermédiaire de 10 % s’applique aux opérations dont le fait générateur (c’est-à-dire s’agissant de travaux immobiliers, la réalisation de la prestation) intervient à compter du 1er janvier 2014. Une mesure de faveur prévoit toutefois que les encaissements pour lesquels la TVA est exigible avant cette date continuent de bénéficier de l’application du taux de TVA de 7 %. Les acomptes versés avant le 1er janvier 2014 afférents à des travaux immobiliers achevés après cette date resteront donc soumis au taux de 7 % de la TVA. En revanche, il a été décidé de ne pas introduire un dispositif supplémentaire maintenant le bénéfice du taux de 7 % aux encaissements intervenant après le 1er janvier 2014 relatifs à des travaux ayant fait l’objet d’un devis émis au cours de l’année 2013 et d’un acompte encaissé avant la fin de cette même année. Les professionnels peuvent, s’ils le souhaitent, répercuter l’augmentation de TVA au moyen d’une clause contractuelle jointe aux devis.

Rep. Min. Dumas JO Assemblée nationale 22 octobre 2013 n°11070
http://questions.assemblee-nationale.fr/q14/14-30714QE.htm